Quels autres secrets se cachent dans le microbiome ?
Pour mieux percer et élucider ses mystères, l’équipe du Dr King à l’Université McGill a créé deux outils ou plateformes (pour utiliser un terme populaire) : la première est essentiellement animale, constituée de souris complètement stériles et génétiquement identiques, que son équipe peut par la suite coloniser de bactéries afin d’en mesurer l’effet.
« Nous pouvons donc évaluer directement l’influence de ces microbes sur tout ce que nous voulons savoir chez l’animal : fonction cardiaque, fonction cérébrale, fonction pulmonaire, fonction hépatique, fonction intestinale, fonction immunitaire, développement d’une maladie ou protection contre celle-ci. C’est vraiment la référence absolue de la recherche sur le microbiome. »
La seconde plateforme lui permet d’analyser des échantillons de matière fécale en laboratoire, pour plonger dans la structure moléculaire du microbiome, et tenter d’identifier son ADN, pour mieux comprendre le fonctionnement de tout ce qui vit dans nos intestins. Et aussi, de cultiver des bactéries similaires en étudiant leur fonctionnement.
« En cultivant une bactérie et en lui donnant des conditions de croissance différentes, nous pourrons peut-être constater que ces deux bactéries qui semblent identiques en termes de séquence génétique fonctionnent en fait différemment. »
Car pour le Dr King, il ne s’agit pas simplement de savoir quelle bactérie fait quoi, mais aussi d’identifier comment chaque soucheinteragit avec les autres.
« En réalité, nous devons comprendre comment les bactéries interagissent avec nous, mais aussi comment elles interagissent entre elles. Et ce que nous ne comprenons pas encore, c’est comment les bactéries s’appuient les unes sur les autres et communiquent au sein de cette communauté pour avoir un impact sur nous. »
L’arrivée de l’intelligence artificielle ouvre soudainement des possibilités incroyables sur notre capacité de mieux comprendre ce rôle complexe de ces milliards d’organismes.
« Nous devons profiter de l’intelligence artificielle et de l’apprentissage automatique pour être en mesure de générer des algorithmes permettant de résoudre ces problèmes biologiques extrêmement complexes. Et je peux vous dire que la science que je pratique aujourd’hui est complètement différente de celle que je pratiquais il y a dix ans. »
Tout cela laisse donc présager un avenir pas si lointain où la médecine pourrait devenir hyperpersonnalisée, ou un médicament pourrait être développé et ajusté selon le microbiome d’un patient, pour s’assurer qu’il fonctionne mieux.
Lorsqu’on lui parle de l’avenir du microbiome, le Dr King est assez catégorique : « Mon travail ici est sans fin. »
Des milliers de milliards de bactéries. Que l’on peut coloniser. Étudier avec l’intelligence artificielle. Cultiver en labo. Que l’on s’échange avec des échantillons de selles. Qui communiquent entre elles. Et qui s’unissent pour lutter contre des maladies. Il n’y a pas à dire, on nage en pleine science-fiction.
« Oui, conclut-il. Jusqu’à tant que cela soit de la science. Et plus de la fiction. »